全米のグラフデータに対して主要点間最短路問題をクラスタ計算機やクラウド・コンピューティングの技術(Amazon EC2)を用いて高速に計算する作業を行っている。 実際には全米データでは点数は 2400 万点であるが、この中から主要点は 3109 点選択している。 ○…

先日の SDPA 7.2.1 とマルチスレッドの説明が文章だけだと、やはりわかりにくいようなので、説明用の図を追加した。この SDPA は SDP(半正定値計画問題)という最適化問題を解くためのプログラムであるが、このマルチスレッド化された部分も含めて実行を高速…

近い内に Lucie (クラスタの遠隔構築、設定の技術)とクラウドの技術を用いた最短路問題用オンライン・ソルバーが完成する予定になっている。これに加えて現行の SDPA Online Solver についても同様の技術を用いて新システムを開発する予定である。今までは N…

先日、某 N 社(写真を見ればすぐにわかるが)で講演を行ったときに、N 社の三大名機という話をしたら（少しだけ？）評判が良かった。TK-80 も入れようかと思ったが、三つぐらいが良いと思ってこれだけにした。講演後もいろいろと話をしたが、この中で一番語り…

Windows 7 Beta の 64bit も使用しているが、32bit 版と同様に以下のソフトウェアが動作する。現時点で確認出来ていないだけで実際にはかなり多くのソフトウェアが動作するのではないかと思われる。プリンタドライバも Vista 64bit 版のものが使用できた。適…

Nehalem-EP Intel Xeon X5570 などのベンチマーク結果が掲載されている。どのような内容のベンチマークテストなのか把握していないが、予想通りに Nehalem-EP の性能は良いようだ。現在 Core i7 の 965 や 940 などを所有しているが、これらは非常に高速なの…

写真のように 2006年型と2009年型では外見はほとんど同じだが互換性はない。2008 年のメモリカードを 2009年の機器に挿しても使うことができる（その反対も可)。ところが 2006年のメモリカードを 2008, 2009 年の機器に挿しても再生できない（その反対も不可…

SDPA 7.2.1 の改造も revision 3 まで来た。いろいろなアイデアがあるので、まだまだこれからといった感じになる。 Nehalem マシン CPU : Intel Core i7-965 (Nehalem) 3.2GHz メモリ : DDR3-1600 12GB (2GB x 6) トリプルチャンネル OS : Fedora 10 for X86…

VAIO には過去何回か痛い目にあっていて、偶然ではなく購入１年後（保証期間後）に壊れるという事態も２回経験している。それでもしばらくするとまた興味が出てくるので不思議だ。新しい VAIO の Type P は非常に小型でズボンのポケットにも入るサイズと宣伝…

ついでに主要なアプリケーションが正常に動作するのか試してみた。簡単な動作確認なので実際の使用方法によっては不具合が発生する可能性もある。 以下のソフトウェアは正常に動作するようである。 ブラウザ 1: FireFox 3.0.5 2: Opera 9.63 3: Safari 3.2.1…

Windows 7 の Beta 版の公開が始まっている。試しにダウンロードしてインストールしてみようと思ったが、新しいマシンで空いているのが無かったので、Windows XP の仮想マシン上にインストールした。 CPU: Intel Core2 Quad 9450 (2.66GHz) メモリ: 4GB ビデ…

SDPA 7.2.1 マルチスレッド改造版(rev2)についても少し数値実験を行ったみた。Schur complement 行列が密になるときに、各行の計算をマルチスレッドで行うものなので、行列が疎になったり、この行列の計算部分がボトルネックになっていない場合では効果はあ…

この前、メタ戦略アルゴリズム（メタ解法、メタヒューリスティックスとも言われる）は CUDA(つまり GPGPU)で速くすることは出来ませんかと聞かれたのだが、アルゴリズムの都合上、非連続メモリアクセス、代入、大小比較、整数演算などが構成上多くを占めてい…

理系の人々という本（漫画）を読んでみて、自分にとっても半分ぐらいは当てはまることに気が付いた。食事に行っても、買い物に行っても、乗り物に乗っても情報端末などを見ると、OS が Linux, Windows CE, TRON のいずれかなのか気になってしまう。写真のよ…

SDPA 7.2.1 に Schur complement 行列生成のマルチスレッド化を行ってみた。現時点では、OpenMP や Intel Threading Building Blocks などで並列化するのとあまり違いは無いが、これからの拡張で差が出てくるはずだ(多分)。 Nehalem マシン CPU : Intel Core…

こうやって図を眺めてみると、情報系、通信系なども最適化の題材の宝庫であることがわかる。数理計画問題(特に整数計画問題)、組合せ最適化(集合被覆問題、グラフ分割問題など)、それに最短路問題などである。データやファイルを動かす方が、実際の車、人、…

ある理由によって、来週から SDPA Online Solver は臨戦態勢に入る（長ければ夏ぐらいまで）。具体的には毎日２４時間のフル稼働を目指すことになる(Kernel の更新などで一時的に reboot するのは仕方がないが)。今までもそのように行っているつもりだが、さ…

現時点で思うことの箇条書き。 1: 複製配置問題に対する整数計画問題ソルバー 1-1: ILOG CPLEX (速い。有償) 1-2: GNU GLPK (遅い。無償) 1-3: SCIP (速さは CPLX と GLPK の間でCPLEX 寄り。つまり結構高速。無償だが、商用目的には使えない) 解くのが遅い…

一部ライブラリの更新などに伴って、SDPA Online Solver の構成を以下のように変更した。後はユーザーからは見えない細かい部分も一部修正を行った。 1: SDPA 7.2.1 + GotoBLAS 1.28 1サーバ (bunkyo) 1, 2, 4, 8 コア 2: SDPARA 7.2.1 + GotoBLAS 1.28 3: S…

SDPA Online Solver ではすでに登録＆使用されている SDPARA 7.2.1 だが、PCSDP と簡単に比較を行ってみよう。実験環境は以下の SDPA クラスタを用いて、16 プロセス & 4 スレッド(GotoBLAS) で動作させていく。 ○ SDPA クラスタ 16 Nodes, 32 CPUs, 128 CPU…

SDPA Online Solver の変更を行った。SDPA 7.2.1 は以下の Server (bunkyo) で実行が出来る。また SDPARA 7.2.1 と SDPARA-C 1.0.1 は以下の Cluster Server (power) で実行することが出来る。これで通常の SDPA は 1 サーバが専属で担当することになり、ク…

研究室の計算サーバとしては、１６台、１２８コア、1.435TFlops というクラスタ計算機があって、本来は Online Solver の計算資源として供給する予定だったが、使い方が難しいということあって、現在の SDPA Online Solver には接続しないことにした。その代…

数理、情報系の学科だとアルゴリズムとデータ構造の授業があることが多いのだが、どんな内容で行っているのだろうか。どのような内容にしても、この分野ではアルゴリズムとデータ構造の知識と実践は必須と思われていたのだが、最近では必須ではないようだ（…

今度は Nehalem とマルチスレッドの話。とは言ってもメモリバンド幅が大きければ良いので、AMD の Shanghai でも同じような感じになる。例えば Nehalem 4 コア(HT 無効)だと次のようにマルチスレッド計算を行うのが良い。 1: OMP_NUM_THREADS=4 つまり GotoB…

Amazon の EC2 で c1.xlarge タイプのノードを借りている。このタイプの仕様は Intel Xeon E5345 2.33GHz, メモリ 7GB になっている。一応 8 コアが用意されているのだが、通常のノードとマルチコアの特性が大きく異なるので注意が必要になる。 1: 実機 : In…

新型インフルエンザの発生時の感染予測モデルの研究が先進国を中心に行われている。入手不可能な情報と不確定情報が多いので、社会ネットワークと人的接触モデル、それにコンピュータによるシミュレーションが主力になっている。こういったシミュレーション…

近い内に SDPA Online Solver を以下のように変更する。通常の SDPA と並列版 SDPARA, SDPARA-C の計算サーバを分離するのが主な目的になる。 1: SDPA 7.2.1 + GotoBLAS 1.27 1サーバ (AMD Opteron 2384 2.7GHz : 32GB) 1, 2, 4, 8 コア 2: SDPARA 7.2.1 + G…

CPU が Intel Atom で OS が Windows Vista のミニノートを持っているが、やはり OS が重すぎて使い物にならない。同じ Atom でも Windows XP だとそこそこ使える(Linux では十分使える）ので、Atom は OS を選ぶということになる。このブログでもこれまで A…

一度メモリバンド幅の大きなシステム(CPU)を使って（慣れて）しまうと、メモリバンド幅の小さいシステムには戻りにくい。いろいろと工夫は考えているとはいるが、広範囲でメモリにランダムアクセスを行うような疎データを扱うプログラムだと露骨にこのバンド…

昔作成した MD の音楽データをパソコンにコピーするために SONY の Hi-MD ウォークマン MZ-RH1 を使用している。まれに録音した MD レコーダーによっては、上手く音楽データをコピーできない場合もあるようだが、基本的に WAV ファイルとしてパソコン側に保…